Bij het onderzoek gebruikt Adviesbureau Mertens veelal bioindicatoren om de kwaliteit van de natuur te meten. Bioindicatoren zijn kritische dieren of planten die, gelet op hun eisen, de kwaliteit van de leefomgeving weergeven. Op grond hiervan vallen voorspellingen te doen. In het kader van de natuurwetgeving is het echter van belang om exact te weten waar zich soorten bevinden. Doch ook hier spelen soorten die strikt zijn beschermd de belangrijkste rol.

Doelsoorten
Daarnaast werkt Adviesbureau Mertens in zijn plannen en adviezen met doelsoorten. Doelsoorten zijn soorten die aangeven dat, wanneer het gebied volgens de eisen van deze soorten wordt ingericht, minder kritische soorten binnen dat gebied ook voor kunnen komen. Het gebruik van doelsoorten vindt meestal plaats bij monitoring. Bij monitoring worden op vaste tijden en plaatsen ontwikkelingen gevolgd, bijvoorbeeld na natuurontwikkeling in een compensatieproject.